Update: Haftverfahrenskosten
Das Bundesgericht tritt weiterhin nicht auf Beschwerden ein, die sich gegen Kostenauflagen im Haftverfahren richten (BGer 1B_633/2012 vom 30.01.2013; vgl. dazu meinen früheren Beitrag). Es sagt aber wenigstens, wie man dann (insbesondere bei Freispruch oder Einstellung) vorzugehen hätte:
Die Beschwerdeführerin kann den vorinstanzlichen Kostenentscheid mit dem Endentscheid in der Hauptsache anfechten. Sollte sie schuldig gesprochen werden, könnte sie den Kostenentscheid nach Erschöpfung des kantonalen Instanzenzugs zusammen mit dem Strafurteil an das Bundesgericht weiterziehen. Sollte das Strafverfahren zu ihren Gunsten ausgehen (Einstellung oder Freispruch), womit sie kein Interesse an der Weiterziehung des Entscheids in der Hauptsache hätte, könnte sie nach dessen Rechtskraft den vorinstanzlichen Kostenentscheid innerhalb der Frist von Art. 100 BGG selbständig an das Bundesgericht weiterziehen (vgl. BGE 133 V 645 E. 2.2 S. 648; 122 I 39 E. 1a/bb S. 42 f.; 117 Ia 251 E. 1b S. 254 f.; Urteil 2C_60/2011 vom 12. Mai 2011 E. 1, publ. in: JdT 2012 I 36; je mit Hinweisen) [E. 1.2].
Dass ein Freigesprochener jemals so vorgehen will, ist wohl eher unwahrscheinlich. Das Problem liegt hier aber nicht beim Bundesgericht, sondern bei den Haftgerichten, welche die Kosten nicht zu den „allgemeinen“ Verfahrenskosten schlagen.